教育

传记

西蒙·布罗吉在2005年获得了生物科学的“桂冠”。硕士期间，他开始了分子建模领域的研究。2010年获得药学博士学位。在他的博士研究活动期间，他使用不同的计算技术应用于不同的药物靶点，并取得了相关成果。目前，他是锡耶纳大学的研究员，生物技术、化学和制药系分子建模和模拟单元的负责人。他的研究活动集中于发现和优化不同药物靶点的新型配体。最近，他专注于寄生虫病的研究。除了通过广泛的计算技术进行合理的药物设计、碰撞发现和先导优化外，他对计算工具有深入的知识，能够预测关键的类药物和毒性相关特性，如溶解性、质子化性、诱变性、hERG活性和细胞色素介导的代谢。他有超过8年的经验，应用分子建模的知识来解决药物化学研究的固有问题。
具体来说，他有各种计算方法的扎实知识:药物群建模，虚拟筛选，高通量对接(HTD)，高通量QM极化配体对接(HTQPLD)，分子对接，同源建模，3D-QSAR和3D-QSSR模型，分子动力学，QM/MM计算，在ADME+T性质的硅预测。此外，Brogi博士还拥有利用分子动力学软件CUDA技术进行GPU计算的专业知识。Ioperates是Journal of Medicinal Chemistry, European Journal of Medicinal Chemistry, PLoS One, Journal of Computer-Aided Molecular Design, Journal of Molecular Graphics and Modelling, Frontiers in Pharmacology, Frontiers in Chemistry, Frontiers in Genetics, Frontiers in Microbiology, Journal of Natural Products，BMC药理学和毒理学，化学杂志，化学选择和跨学科科学:计算生命科学。
2014年1月起，他担任《化学前沿》的评论编辑。
2015年11月起担任《BMC药理与毒理学》的副主编。

研究的兴趣

发现和优化不同药物靶点的新型配体
寄生虫疾病

专业的活动:

荣誉和奖励:

出版物

1. Prokineticin 1受体激动剂及其应用
   Laurent Désaubry, Gunsel Canan Desaubry, Mounia Boulberdaa, Michel Kindo, Andrea Tafi, Simone Brogi, Kyoji Urayama, Nigel Riberio酒吧。不。国际申请号:wo/2012/084999: pct / ep2011/073474 http://patentscope.wipo.int/search/en/wo2012084999
2. 多巴胺受体配体的多药理学
   Stefania Butini, Katarina Nikolic, Stefanie Kassel, Hjördis Brückmann, Slavica Filipic, Danica Agbaba, Sandra Gemma, Simone Brogi, Margherita Brindisi, Giuseppe Campiani, Holger Stark Prog。neurobiology .2016, accepted, pp doi:10.1016/j.p neurobiology .2016.03.011
3. 毛蕊草苷抑制亚马逊利曼原虫(leishmania amazonensis claudia c. Maquiaveli, JOÃO F. LUCON-JÚNIOR, SIMONE BROGI, GIUSEPPE CAMPIANI, SANDRA GEMMA, PAULO c. VIEIRA, EDSON R. SILVA J. Nat. Prod. 2016, 79(5)， 1459-1463 doi: 10.1021/acs.jnatprod.5b00875
4. 新型促凋亡环肽的开发
   玛格丽塔·布林迪西、萨缪尔·马拉迈、西蒙娜·布罗吉、伊曼纽拉·法尼廖洛、斯蒂凡尼亚·布蒂尼、埃格里亚·瓜里诺、爱丽丝·卡萨尼、斯蒂凡尼亚·兰波尼、克劳迪娅·博内奇、塞玛·纳特瓦尼、费德里卡·费内蒂、弗朗西斯科·拉戈内塞、保拉·阿西迪亚科诺、皮埃特罗·坎皮格里亚、萨尔瓦伦蒂、埃托尔·诺维利诺维利诺、罗伯塔·斯帕佩罗、露西亚·莫尔比德利、丹尼拉·齐斯特尔、，克莱夫·威廉姆斯、亚历山德罗·多纳蒂、科西玛·巴尔达里、朱塞佩·坎皮亚尼、克里斯蒂娜·尤利维耶里、桑德拉·杰玛·欧尔。医学博士。化学。2016、117、301-320 doi:10.1016/j.ejmech.2016.04.001
5. 靶向临床相关金属β内酰胺酶:从高通量对接到广谱抑制剂
   Margherita Brindisi, Simone Brogi, Simone Giovani, Sandra Gemma, Stefania Lamponi, Filomena De Luca, Ettore Novellino, Jean-Denis Docquier, Giuseppe Campiani, Stefania butini j.酶抑制剂。医学化学。2016，接受，pp doi: 10.3109/14756366.2016.1172575
6. 2-花生四烯醇甘油降解选择性阻滞剂的研制及其在多发性硬化和疼痛啮齿类动物模型中的药理特性
   玛格丽塔·布林迪西、萨缪尔·马拉迈、桑德拉·杰玛、西蒙娜·布罗吉、亚历山德罗·格里洛、洛伦佐·迪塞萨尔·曼内利、伊曼纽尔·加贝利利、斯特凡尼亚·兰波尼、西蒙娜·萨波纳拉、比阿特丽斯·戈雷利、达涅利·特德斯科、托马索·邦菲利奥、克里斯托夫·兰德里、光穆克·荣格、安德里亚·阿米罗蒂、利维奥·洛恩戈、阿莱西亚·利格里斯蒂、法比亚娜·皮西泰利、卡洛·贝图奇、，玛丽·皮埃尔·德胡克、朱塞佩·坎皮亚尼、萨巴蒂诺·梅奥尼、卡拉·格拉蒂尼、安娜·皮塔卢加、达涅利·皮奥梅利、文琴佐·迪马尔佐、斯蒂凡尼亚·布蒂尼j。医学。化学。2016年，59（6），2612-2632 doi:10.1021/acs.jmedchem.5b01812
7. 来自不同疟原虫种的枯草杆菌素样蛋白酶1 (sub1)与肽基二氟化酮复合物的硅研究和有效泛-sub1抑制剂的特性
   西蒙娜·布罗吉、西蒙娜·乔瓦尼、玛格丽塔·布林迪西、桑德拉·杰玛、埃托尔·诺维利诺、朱塞佩·坎皮亚尼、迈克尔·j。布莱克曼，斯蒂凡尼亚·布蒂尼j。摩尔图。模型2016年，64121–130内政部：10.1016/j.jmgm.2016.01.005
8. 一种实用和可扩展的制备前管蛋白和类似物去乙酰氧基管布缬氨酸片段的路线的发展
   玛格丽塔·布林迪西、萨缪勒·马拉迈、亚历山德罗·格里洛、西蒙娜·布罗吉、斯蒂凡尼亚·布蒂尼、埃托尔·诺维利诺、朱塞佩·坎皮亚尼、桑德拉·杰玛·四面体莱特。2016年，57（8），920-923内政部：10.1016/j.tetlet.2016.01.051
9. 多奈哌齐类多功能药物的设计、合成、分子建模和生物学评价
   吴明宇、§杰拉德·埃斯特班、§西蒙·布罗吉、§小野正彦、李旺、朱塞佩·坎皮亚尼、梅赛德斯·翁泽塔、猪口聪、斯蒂凡尼亚·布蒂尼、何塞·马可·孔蒂列斯。医学博士。化学。2016年，接受，pp doi:10.1016/j.ejmech.2015.10.001§同等贡献
10. 具有他克林和多奈哌齐样结构和功能基序的多靶点化合物，用于潜在的阿尔茨海默病治疗
    拉桑·伊斯梅利、伯纳德·雷福韦莱、穆罕默德·本切克罗恩、西蒙娜·布罗吉、玛格丽塔·布林迪西、桑德拉·杰玛、朱塞佩·坎皮亚尼、斯拉维卡·菲利皮克、达尼卡·阿格巴巴、杰拉德·埃斯特班、梅赛德斯·安泽塔、卡塔琳娜·尼科利奇、斯蒂凡尼亚·布蒂尼、何塞·马可·孔蒂列斯·普罗格。神经生物学。2016年，通过，pp doi:10.1016/j.pneurobio.2015.12.003
11. 具有抗炎活性的氟化1,5-二芳基吡咯-3-烷氧乙醚衍生物的合成和生物学评价
    Angela Di Capua, Claudia Sticozzi, Simone Brogi, Margherita Brindisi, Andrea Cappelli, Lidia Sautebin, Antonietta Rossi, simmona Pace, Carla Ghelardini, Lorenzo Di Cesare Mannelli, Giuseppe Valacchi, Gianluca Giorgi, Antonio Giordani, Giovanna Poce, Mariangela Biava, Maurizio Anzini Eur。J. Med. Chem. 2016, 109, 99-106 doi: 10.1016/ J. ejmech.2015.12.044
12. 探索基于克霉唑的药效团:3d-qsar研究和新型抗疟原虫药物的合成
    Simone Brogi, Margherita Brindisi, Bhupendra P Joshi, Salvatore Sanna Coccone, Silvia Parapini, Nicoletta Basilico, Ettore Novellino, Giuseppe Campiani, Sandra Gemma, Stefania Butini Bioorg。地中海,化学。关键词:10.1016/ j.m bcl .2015.09.007
13. g蛋白偶联的prokineticin受体-1的第一个非肽激动剂的发现和心脏保护作用
    Adeline Gasser§，Simone Brogi§，Kyoji Urayama, Toshishide Nishi, Hitoshi Kurose, Andrea Tafi, Nigel Ribeiro, Laurent Désaubry, Canan G. Nebigil plos one 2015, 10(4)， e0121027 doi: 10.1371/journal.pone。0121027§平等的贡献
14. 通过高通量对接，首次发现利什曼原虫主要锥虫还蛋白过氧化物酶的非共价抑制剂
    Margherita Brindisi§，Simone Brogi§，Nicola Relitti, Alessandra Vallone, Stefania Butini, Sandra Gemma, Ettore Novellino, Gianni coltti, Gabriella Angiulli, Francesco Di Chiaro, Annarita Fiorillo, Andrea Ilari, Giuseppe Campiani Sci。2015年8月，中国人民解放军解放军总军部，解放军解放军总军部，解放军解放军总军部
15. 恶性疟原虫枯草杆菌素样蛋白酶1:发现有效的二氟化酮类抑制剂
    西蒙娜·乔瓦尼、玛丽亚·彭佐、斯蒂凡尼亚·布蒂尼、玛格丽塔·布林迪西、桑德拉·杰玛、埃托尔·诺维利诺、朱塞佩·坎皮亚尼、迈克尔·布莱克曼、西蒙娜·布罗吉rsc adv.2015，5（29），22431-22448 doi:10.1039/c5ra01170a
16. hupertacrine作为无毒胆碱酯酶抑制剂用于潜在治疗阿尔茨海默病的研究进展
    Mourad chioua, marta pérez, oscar m. Bautista-aguilera, matilde yañez, manuela g. López, alejandro Romero, Ramón Cacabelos, Raimon Puig De La Bellacasa, Simone Brogi, Stefania Butini, José i。
    陈志强，陈志强。2015,15(8)，648-658 doi: 10.2174/1389557515666150219130156
17. 合成螺环内过氧化物:新型抗疟支架
    Margherita Brindisi, Sandra Gemma, Sanil Kunjir, Luisa Di Cerbo, Simone Brogi, Silvia Parapini, Sarah D 'alessandro, Donatella Taramelli, Annette Habluetzel, Sofia Tapanelli, Stefania Lamponi, Ettore Novellino, Giuseppe Campiani, Stefania Butini med. Chem. Margherita Brindisi, Sandra Gemma, Sanil Kunjir, Luisa Di Cerbo, Simone Brogi, Silvia Parapini, Sarah D 'alessandro, Donatella Taramelli, Annette Habluetzel, Sofia Tapanelli, Stefania Lamponi, Ettore Novellino, Giuseppe Campiani, Stefania Butini med. Chem。关键词:10.1039/c4md00454j
18. 发现用于探测信号转导通路的GPCR配体
    Simone Brogi, Andrea Tafi, Laurent Désaubry, canan g. Nebigil front。杂志。2014年,5:255doi: 10.3389 / fphar.2014.00255
19. 靶向多巴胺d3和5-羟色胺5-ht1a和5-ht2a受体用于开发有效的抗精神病药物:合成、生物学特性和行为研究
    Margherita Brindisi, Stefania Butini, Silvia Franceschini, Simone Brogi, Francesco Trotta, Sindu Ros, Alfredo Cagnotto, Mario Salmona, Alice Casagni, Marco Andreassi, Simona Saponara, Beatrice Gorelli, Pia Weikop, Jens d. Mikkelsen, Jorgen Scheel-Kruger, Karin Sandager-Nielsen, Ettore Novellino, Giuseppe Campiani, Sandra Gemma j. Med. Chem. 2014，57 (22), 9578 - 9597 doi: 10.1021 / jm501119j
20. 疾病修饰抗阿尔茨海默病药物:干扰β-淀粉样蛋白聚集的人胆碱酯酶抑制剂
    Simone Brogi, Stefania Butini, Samuele Maramai, Raffaella Colombo, Laura Verga, Cristina Lanni, Ersilia De Lorenzi, Stefania Lamponi, Marco Andreassi, Manuela Bartolini, Vincenza Andrisano, Ettore
    诺维利诺，朱塞佩坎皮亚尼，玛格丽塔布林迪西，桑德拉杰玛中枢神经科学。acta photonica sinica, 2014, 40 (7)，624-632 doi:10.1111/cns.12290 .使用本文
21. 首个基于二氟司他酮的pfsub1抑制剂的合理设计
    Simone Giovani, Maria Penzo, Simone Brogi, Margherita Brindisi, Sandra Gemma, Ettore Novellino, Luisa Savini, Michael j. Blackman, Giuseppe Campiani, Stefania Butini Bioorg。地中海,化学。关键词:10.1016/j.b mcll .2014.05.044
22. hcv靶向抗病毒药物:现状和未来的挑战
    Sandra Gemma, Simone Brogi, Ettore Novellino, Giuseppe Campiani, Giovanni Maga, Margherita Brindisi, Stefania Butini Curr。制药。中国科学(d辑:地球科学)，2014,35 (4):531 - 534
    Doi: 10.2174 / 13816128113199990630
23. 从（+）-表没食子儿茶素没食子儿茶素没食子酸酯到一种简化的合成类似物，作为p。恶性疟原虫Sandra Gemma，Simone Brogi，Pradeep r。帕蒂尔、西蒙娜·乔瓦尼、斯特凡尼亚·兰波尼、安德里亚·卡佩利、埃托尔·诺维利诺、艾伦·布朗、马修·希金斯、海鲁尔·穆斯塔法、塔吉·塞斯塔克、阿利斯特·g。克雷格、朱塞佩·坎皮亚尼、斯蒂凡尼亚·布蒂尼、玛格丽塔·布林迪西rsc adv.2014，44769–4781内政部：10.1039/c3ra45933k
24. 多功能胆碱酯酶和淀粉样蛋白纤维形成调节剂。合成与生物学研究
    Stefania Butini, Margherita Brindisi, Simone Brogi, Samuele Maramai, Egeria Guarino, Alessandro Panico, Ashima Saxena, Ved Chauhan, Raffaella Colombo, Laura Verga, Ersilia De Lorenzi, Manuela Bartolini, Vincenza Andrisano, Ettore Novellino, Giuseppe Campiani, Sandra Gemma医学化学。引用本文:王志强，王志强，王志强。2013,4(12)，1178-1182 doi:10.1021/ml4002908
25. 拟肽bace1抑制剂的立体选择性研究
    Stefania Butini, Emanuele Gabellieri, Margherita Brindisi, Simone Giovani, Samuele Maramai, girridhar Kshirsagar, Egeria Guarino, Simone Brogi, Valeria La Pietra, Mariateresa Giustiniano, Luciana Marinelli, Ettore Novellino, Giuseppe Campiani, Andrea Cappelli, Sandra Gemma Eur。J. Med. Chem. 2013, 70,233-247 doi:10.1016/ J. ejmech.2013.09.056
26. β-分泌酶抑制剂的结构演变:小分子抑制剂的发展重点
    Stefania Butini, Simone Brogi, Ettore Novellino, Giuseppe Campiani, Arun K. Ghosh, Margherita Brindisi, Sandra Gemma curr。上面。医学化学。2013,13(15)，1787-1807 doi:
    10.2174/15680266113139990137
27. 利用基于药效团的定位和虚拟筛选发现新的McF-7细胞系抑制剂的3d-qsar
    Simone Brogi, Panagiota Papazafiri, Vassilios Roussis, Andrea Tafi eur。J. Med. Chem. 2013, 67, 344- 351 doi:10.1016/ J. ejmech.2013.06.048
28. 新型镇痛/抗炎药物:1,5-二芳基吡咯硝基氧烷基醚和相关化合物作为环氧合酶-2抑制一氧化氮供体
    Maurizio Anzini, Angela Di Capua, Salvatore Valenti, Simone Brogi, Michele Rovini, Germano Giuliani, Andrea Cappelli, Salvatore Vomero, Luisa Chiasserini, Alessandro Sega, Giovanna Poce, Gianluca Giorgi, Vincenzo Calderone, Alma Martelli, Lara Testai, Lidia Sautebin, Antonietta Rossi, simmona Pace, Carla Ghelardini, Lorenzo Di Cesare Mannelli，维罗妮卡·贝内蒂，安东尼奥·佐丹尼，保拉·安泽罗蒂，
    Melania Dovizio, Paola Patrignani, Mariangela Biava j. Med. Chem. 2013, 56(8)， 3191-3206doi:10.1021/jm301370e
29. 基于融合吡咯烷酮支架的5-羟色胺-ht1a受体激动剂的合成及构效关系研究
    Andrea Cappelli, Monica Manini, Salvatore Valenti, Federica Castriconi, Germano Giuliani, Maurizio
    Anzini, Simone Brogi, Stefania Butini, Sandra Gemma, Giuseppe Campiani, Gianluca Giorgi, Laura Mennuni, Marco Lanza, Antonio Giordani, Gianfranco Caselli, Francesco Makovec eur。医学杂志。2013,63,85-94 doi:10.1016/ j.j emech .2013.01.044
30. 模拟分子内氢键：苯并恶嗪和喹唑啉作为潜在抗疟药物的合成、生物学评价和分子模拟
    Sandra Gemma, Caterina Camodeca, Margherita Brindisi, Simone Brogi, Gagan Kukreja, Sanil Kunjir, Emanuele Gabellieri, Leonardo Lucantoni, Annette Habluetzel, Donatella Taramelli, Nicoletta Basilico, Roberta Gualdani, Francesco Tadini-Buoninsegni, Gianluca Bartolommei, Maria Rosa Moncelli, Rowena E Martin, Robert L Summers, Stefania Lamponi，Luisa Savini, Isabella Fiorini, Massimo Valoti, Ettore Novellino, Giuseppe Campiani, Stefania Butini j. Med. Chem. 2012, 55(23)，10387-10404doi:10.1021/jm300831b
31. 喹酰腙作为恶性疟原虫丝氨酸蛋白酶pfsub1的新型抑制剂
    Sandra Gemma, Simone Giovani, Margherita Brindisi, Pierangela Tripaldi, Simone Brogi, Luisa Savini, Isabella Fiorini, Ettore Novellino, Stefania Butini, Giuseppe Campiani, Maria Penzo, Michael j. Blackmanbioorg。地中海,化学。关键词:10.1016/ j.m bcl .2012.06.023
32. 4-氨基喹啉/克曲唑混合抗疟药的优化:进一步的结构-活性关系、体内研究和初步毒性分析
    Sandra Gemma, Caterina Camodeca, Salvatore Sanna Coccone, Bhupendra P Joshi, Matteo Bernetti, Vittoria Moretti, Simone Brogi María-Cruz Bonache, Luisa Savini, Donatella Taramelli, Nicoletta Basilico, Silvia Parapini, Matthias Rottmann, Reto Brun, Stefania Lamponi, Silvio Caccia, Giovanna Guiso, Robert L. Summer, Rowena E. Martin, Simona Saponara，Beatrice Gorelli, Ettore Novellino, Giuseppe Campiani, Stefania Butini j. Med. Chem. 2012, 55(15)， 6948-6967 doi:10.1021/jm300802s
33. 吲哚-3-酰基乙酰酰胺、吲哚-3-酰乙酰酰胺和吲哚-3-酰基羧基酰胺的设计、合成和药理特性:强效和选择性cb2大麻素受体反向激动剂
    塞琳娜·帕斯奎尼、克劳迪娅·穆奈尼、阿莱西亚·利格利斯蒂、安德里亚·塔菲、西蒙娜·布罗吉、奇亚拉·法尔基亚尼、瓦伦蒂娜·佩达尼、尼科尔·佩斯科、弗朗西斯卡·吉达、利维奥·洛恩戈、卡蒂亚·瓦拉尼、皮尔·安德里亚·博里亚、萨巴蒂诺·梅奥尼、文琴佐·迪马尔佐、费德里科·科雷利j。医学。化学。2012年，55（11），5391-5402doi:10.1021/jm3003334
34. gabab受体的两个新的正变构调节剂cor627和cor628的特性
    M.保拉·卡斯泰利，安吉洛·卡苏，保拉·卡斯蒂，卡拉·洛比娜，毛罗·aCarai, Giancarlo Colombo, Maurizio Solinas, Daniela Giunta, Claudia Mugnaini, Serena Pasquini, Andrea Tafi, Simone Brogi, Gian
    路易吉·盖萨，费德里科·科雷利j药典。acta photonica sinica, 2012, 40(3)， 529-538doi:10.1124/jpet.111.186460 .使用本文
35. 二环二氧六环简化二氢plakortin类似物的合成及抗疟原虫活性
    Sandra Gemma, Sanil Kunjir, Salvatore Sanna Coccone, Margherita Brindisi, Vittoria Moretti, Simone Brogi, Ettore Novellino, Nicoletta Basilico, Silvia Parapini, Donatella Taramelli, Giuseppe Campiani, Stefania Butini J. Med. Chem. 2011, 54(16)， 5949-5953 doi:10.1021/jm200686d
36. 三维定量结构-选择性关系分析指导了大麻素受体2高选择性配体的合理设计
    西蒙·布罗吉，费德里科·科雷利，文森佐·迪·马尔佐，阿莱西娅·莱格雷斯蒂，克劳迪娅·穆格尼尼，塞雷娜·帕斯奎尼，安德里亚·塔菲尔。中华医学杂志。2011,46(2)，547-555 doi:10.1016/ j.j emech .2010.11.034
37. 药效团模型定性预测抗雌激素活性
    西蒙娜·布罗吉、玛丽亚·克拉迪、康斯坦丁诺斯·瓦吉亚斯、帕帕萨菲里、瓦西里奥斯·罗西斯、安德里亚·塔菲·j。化学。Inf.模型。2009年，49（11），2489-2497内政部：10.1021/ci900254b
38. 从laurence glandulifera中提取四氢呋喃乙酸根
    引用本文:Maria Kladi, Constantinos Vagias, Panagiota Papazafiri, Simone Brogi, Andrea Tafi, Vassilios Roussis j. Nat. Prod. 2009, 72(2)， 190-193 doi:10.1021/np800481w